Le premier épisode raconte l'histoire de la météorite qui frappa Smallville. Clark Kent rencontre Lex Luthor et voit le premier de ces étranges mutants infectés par de la kryptonite.

Clark doit combattre Greg, un collectionneur d'insectes ayant un béguin pour Lana, qui a gagné ceratins pouvoirs d'insectes et s'en sert contre quiconque est en travers de son chemin.

Le coach Arnold de l'équipe de football du lyçée de Smallville a été infecté par la kryptonite dans son sauna et a maintenant la capacité de contrôler le feu. Il va alors user de ce pouvoir pour faire en sorte que son équipe ne cesse de gagner.

Le monstre de la semaine est une adolescente de Smallville qui a la faculté de changer d'apparence à volonté. C'est dans cet épisode que Clark découvre sa vision aux rayons X.

Suite à une exposition longue aux fragments de météorites, un lyçéen est devenu hypothermique de façon permanente et doit donc, pour survivre, absorber la chaleur de ses camarades.

Clark fait la connaissance d'une vieille femme aveugle qui peut voir dans le futur. Dans le même temps, un vieil homme découvre une "fontaine de jouvence" ( due à la kryptonite ) et se tranforme en l'homme qu'il était plus jeune. Il va alors se venge

Une lyçéenne entame un régime à base de légumes ayant été au contact de kryptonite. Elle a alors régulièrement des envies très fortes et incontrôlées de manger. Et rapidement, elle va se tourner vers la viande humaine.

Un ancien employé de la Luthorcorp est atteint d'un mystérieux mal et prend alors en otage la classe de Clark alors en visite dans l'usine. Il menace de les tuer ...

Un flic ripoux de Metropolis est témoin du sauvetage d'un bus par Clark. Il exerce alors un chantage sur Clark en échange de quoi il ne dévoilera par son secret à la presse.

Une adolescente perturbée dont la mère travaille dans le manoir de Lex Luthor est obsédée par ce dernier. Mais cette obsession va s'avérer dangereuse lorsqu'un mystérieux ennemi invisible va s'attaquer à Lex.

Un homme d'affaires ayant des pouvoirs de contrôle mental contrait Jonathan à vendre sa ferme pour laisser place à une plantation industrielle. Clark, étonné par la nouvelle, va essayer de résoudre ce mystère ...

Lorsque Clark sauve Eric, l'un des ses camarades de classe, ils sont tous les deux touchés par la foudre et soudain, les pouvoirs de Clark vont être transmis à Eric. Mais ce dernier va en abuser.

De mystérieux cambrioleurs réussissent à dérober des projets secrets dans le manoir de Lex Luthor : ils ont la capacité de traverser les murs.

Un vieil ennemi de Lex arrive en ville, mais bizarrement, celui-ci a été tué par accident par Lex il y a quelques années à Métropolis ... Clark va alors tout faire pour le protéger et le sauver.

Une mystérieuse plante, le Nicodemus agit sur les individus de Smallville. Clark va alors tenter de résoudre ce mystère et va découvrir que cette affaire a un lien avec la Luthorcorp.

Les Kent heurtent par accident un jeune enfant, Ryan, qui a la capacité de lire dans les pensées. Ils vont alors le prendre en charge et Clark va très vite s'attacher à lui. De son côté, Lex hésite à accepter le poste de Lionel à Métropolis.

Clark doit arrêter un homme infecté de kryponite qui cherche à libérer les personnes âgées de leur souffrance en les tuant.

Clark décide de se présenter aux élections de sa classe. Il va s'inquieter quand il va avoir que tour à tour, ses concurrents se font éliminer par une horde d'abeilles tueuses.

Justin Gaines, un jeune adolescent ami de Chloé a perdu l'usage de ses mains. Il a dans le même temps développé un pouvoir de télékinésie. Il va alors l'utiliser pour éliminer les gens qu'il juge responsable de son accident.

Chloé a été kidnappée. Clark et Lana sont desesperement à sa recherche. Lana, qui a été bléssée lors d'une explosion a reçut la capacité de voir à travers les yeux du kidnappeur.

Une tornade se dirige vers Smallville alors que le bal de fin d'année du lyçée se prépare. Dans le même temps, Clark est sur le point de retrouver la pièce manquante de son vaisseau et un journaliste sournois engagé par Lex enquête sur Clark.