Clark vit désormais à Metropolis, sous l'influence néfaste de la kryptonite rouge. Il accepte de travailler pour un braqueur de banques, alors qu'à Smallville, Martha, Jonathan et Lana sont déséspérés. L'enterrement de Lex a lieu, alors que celui-ci perd la tête sur une île pas tout à fait déserte... Jonathan, prêt à tout pour ramener son fils est contacté par Jor-El qui le munie de pouvoirs très puissants ! Il se rend alors à Metropolis ou il engage une lutte avec Clark dans laquelle la bague de Kryptonite finira par se briser et tout rentrera dans l'ordre... Tout ? Pas tout à fait, puisque Morgan Edge (Rutger Hauer) est bien décidé à récupérer son dû...

Lex est de retour chez lui et y retrouve Helen qui bénit le ciel de l'avoir ramené. Morgan Edge se rend à Smallville et y retrouve Clark qui ne se laisse pas faire. Mais Edge tient captif Jonathan et Martha. Clark se voit donc forcé de coopérer et de fournir un nouvel échantillon de sang. Lana, arrivé là par hasard devra se battre et dans la lutte, empalera un des hommes de main de Edge sur une fourche... Nous découvrirons aussi pour qui Morgan Edge travaille. Helen et Lex tenteront une seconde lune de miel après une première tentative ratée : dans l'avion, celui-ci se rendra compte qu'Helen lui a menti et que c'est elle qui l'a drogé afin de le tuer...

A la piscine, Lana est attaquée par un certain Jake. Mais Jake se fera tuer avant d'avoir pu faire quoi que ce soit... Le trio d'enquêteurs (Chloe, Pete et Clark) découvre que Jake était infecté par la kryptonite et que son "ami" Van a déclaré la guerre aux mutants...

Clark découvre que la fille qui peuple ses rêves est dans le coma depuis plusieurs années. Il demande l´aide de Lana qui se retrouve ainsi en grand danger. Lex qui a découvert qu´il n´aurait peut-être pas du se réassocier avec son père doute de plus en plus, jusqu´à ce que Lionel exige de lui qu´il passe un test psychologique...

Perry White (vu dans Superman) se rend à Smallville afin d´en savoir plus sur les extraterrestres et la kryptonite. Bien qu´il soit en permanence saoul, il est persuadé d´avoir vu Clark utiliser ses pouvoirs et décide alors de mettre un plan à exécution afin que je jeune Kent dévoile ses pouvoirs. Lex est maintenant convaincu que son père a et a eu les mains sales et White pourrait lui en fournir la preuve définitive.

Lana va voir son grand-oncle condamné pour meurtre. Il persiste à dire qu´il est innocent et montre à sa petite-nièce une photo du véritable meurtrier, véritable sosie de Clark... Serais-ce Jor-El ?

Le nouveau petit-ami de Lana est très particulier : il a le pouvoir de déplacer les objets et d´influencer le comportement des gens : par sa faute : Lana fera un séjour en prison... Chloe qui désormais a abandonné les recherches sur Clark et en a entrepris de nouvelles reçoit la visite de Lex qui lui propose son aide...

Morgan Edge a finalement survécu à la fusillade ayant eu lieue dans Phoenix. Lorsque Lex mettra la main sur lui, il jurera de lui faire cracher tout ce qu´Edge sait sur son père... Mais Luthor Jr. Sera victime d´une tentative de meurtre et demandera de l´aide à Clark qui ne trouvera absolument au manoir... Devrait-il croire Lionel, lorsqu´il affirme que Lex est victime de graves troubles mentaux ?

Clark essaie à tout prix de prouver que Lex est sain d?esprit, contrairement à ce que Lionel veut faire croire. Il réussi à empêcher ce dernier de lui faire subir une thérapie par éléctrochocs, pendant que Lex essaie de s?échapper de son institut psychiatrique? De son côté, Lana rencontre un mystérieux jeune homme nommé Adam (Ian Somerhalder), alors qu?elle guérit petit à petit de ses blessures?

Clark va développer un tout nouveau pouvoir qui sera une super-ouïe qu?il aura beaucoup de mal à maîtriser, tout comme ses pouvoirs précédents?

Quelqu?un dans un état second va attaquer Max Taylor, un ami de Chloe, alors qu?ils étaient au téléphone. Clark et elle se rendront donc au Daily Planet ou Max travaille?

En Colombie-Britannique (Canada), des gens ont été réveillés par une explosion. Des bâtiments et fenêtres ont été soufflés sur plusieurs kilomètres...

Pete est devenu si populaire que les lycéens l?appellent désormais « Ross le Boss ». Il va participer à une course de voiture mais un autre élève, Dante, est bien meilleur que lui. Mais quand Pete refuse de tricher et perd, Dante lui lance un nouveau défi.

Entre Lana et Clark, la relation est finie. Enfin, cette fois ils sont déterminés à ne plus se voir. Depuis, Lana a fait la rencontre d'Adam, garçon au passé flou. Il serait mort depuis 5 mois. Son comportement violent commence à vraiment inquiéter Lana qui finit par lui demander de casser son bail de location au Talon. Mais, Adam disparaît sans prendre ses affaires alors qu'il avait bien fait comprendre qu'il ne quitterait pas les lieux. Clark, lui, fait la rencontre d'Alicia. Une lycéenne qui a le pouvoir de se transporter où elle veut en emmenant qui elle veut. Celle-ci tombe amoureuse de Clark. Le jeune superman est plus frileux mais croit qu'il a rencontré l'âme soeur. Seulement, Alicia estime que son pouvoir lui donne tous les droits, même ceux de vie et de mort. Persuadée que Clark est toujours amoureux de Lana, elle décide d'éliminer toutes les personnes qui pourraient nuire à sa relation affective avec son nouveau compagnon.

A l'hôpital, Jonathan, le père de Clark se prépare à se faire opérer d'un triple pontage. Au même étage où il est interné, Garett, un ami de Clark, perd son frère Vincent qui est atteint d'une maladie rare du foie. Le soir de son décès, le défunt revient à la vie et rejoint son frère qui le croyait déjà incinéré par erreur. Mais, à peine Vincent avise-t-il son frère de partir ensemble et de disparaître dans la nature, qu'il est terrassé par une crise de foie. Retour à l'hôpital. Garett est désespéré. Il ne peut pas supporter de perdre son frère une deuxième fois. Il est le seul parent qui lui reste. Le jeune garçon décide de menacer le corps médical en se transformant en bombe humaine à la cryptonite si on ne greffe pas un nouveau foie à son frère. Avant de s'évanouir, Vincent a pu mentionner l'endroit où il s'était réveillé : un laboratoire à Métropolis. Clark fait le lien avec les Luthor. Mais, c'est en rencontrant Lana qu'il apprend un élément transcendant : Adam souffre de la même maladie et se soignait avec un sérum. Un liquide qui est composé de plaquettes, de toutes apparences, comme celles de Clark !

Clark rend visite à son ami Pete qui travaille bénévolement au Centre de Crise pour Adolescents. Comme son copain, il prend un appel. A sa grande surprise c'est Lana qui crie à l'aide apparemment en danger de mort. Seulement, au même instant, Lana est au chaud au café Talon en train de réviser ses cours avec Chloé. L'ouïe de Clark lui permet de décrypter des voix, dont celle d'Adam que l'on croyait disparu. Il n'en est rien. Adam a réussi à s'enfuir du laboratoire où il était retenu prisonnier. Il est devenu très dangereux. Il laisse derrière lui des laborantins sauvagement assassinés et veut absolument retrouver Lana qui est seule à savoir où il peut trouver le sérum qui le maintiendrait en vie. C'est une course contre la montre. Clark déduit que cet appel téléphonique est prémonitoire. Pendant ce temps, Lex entre dans un nouveau duel avec son père. Celui-ci est particulièrement impitoyable. Il ignore cependant que son père a appris qu'il est en phase terminale d'une maladie rare du foie, comme celle d'Adam.

Jonathan reprend les travaux à la ferme après une longue convalescence. Sur le toit, il veut remplacer la girouette. Un son strident le surprend. Il tombe. Clark le sauve à temps. Furieux, Jonathan se relève en appelant son fils par son prénom d'origine, Ka-Lel. C'est un mot de trop pour Clark. Il comprend que son père a un pacte avec son père biologique, mais lequel ? Jonathan ne veut rien dire, mais sombre dans une dépression. Clark ne veut pas perdre l'homme qui l'éduque et qu'il aime. Il se précipite dans les grottes où se trouvent les écritures toujours non déchiffrées. Muni de la clé octogonale, il implore de rentrer en communication avec Jor-El, son père biologique. Au moment où l'objet s'élève pour rejoindre sa place dans la paroi, Lionel Luthor se pointe...

Chloé veut absolument savoir pourquoi son père n'arrive pas à décrocher un poste à la Luthorcorp. Elle réussit à rencontrer un ancien collègue de son père. Celui-ci essaie de lui faire comprendre qu'il y a des projets sur lesquels personne ne souhaite travailler. Le futur serait donc meilleur ailleurs. Pour la jeune journaliste, ce n'est pas une réponse satisfaisante. Elle s'empare du badge de sécurité que le monsieur a oublié dans la voiture. Et à ses risques et périls pénètre dans les laboratoires de la Luthorcorp. Elle déclenche une alarme par inadvertance. Ce que Chloé ne sait pas encore, c'est qu'elle est contaminée par un gaz toxique qui se transforme en sérum de vérité. Elle sait dorénavant faire parler les gens et leur faire révéler leurs secrets. Enivrée par cette découverte, Chloé abuse de ses capacités sur tout le monde. De ce fait, elle ne se fait pas que des amis. Elle n'épargne pas Clark non plus. Quant à Lionel Luthor, il profite de cette occasion pour ses fins personnelles. Mais, Chloé, en attendant ignore qu'elle n'a plus beaucoup de temps à vivre.

Flashback : Lex a douze ans. Il est sur le toit du manoir des Luthor. C'est la nuit, il pleut. Il chante une berceuse, ses bras sont croisés sur une couverture enroulée. Le père le cherche et finit par le retrouver. Mais l'enfant ne veut pas que cet homme le ramène à la raison. Plutôt mourir ! Il veut se jeter dans le vide pour rejoindre Julian. De justesse, Lionel retient son fils qui panique et hurle plusieurs fois le prénom de son petit frère décédé. Lex, adulte, veut retrouver la mémoire que son père lui a fait effacer de force. Pour la retrouver, il fait l'objet d'une expérience scientifique, un programme mis au point par le docteur sans éthique, Garner. Tandis que Clark veut aider son ami, il se fait piéger par Lionel. Lex rassemble les morceaux manquants du puzzle causé par l'amnésie.

Le professeur Willebroek et son assistant Jérémiah ont rendez-vous avec Lionel Luthor dans les grottes Kawatchi pour identifier un objet déterré par l'équipe de chercheurs de Lionel. Tandis que Willebroek reste imperturbable et banalise la trouvaille, Jérémiah est d'un avis contraire. Il nomme tout de suite la forme grise de "Pallak". Ce contraste entre confrères ne passe pas inaperçu aux yeux de Lionel qui comprend l'importance de sa découverte. Soudain, Jérémiah menace de détruire le Pallak qui, pour lui, revient aux indiens Kawatchi. Le garçon ramasse une pierre et frappe l'objet. Aussitôt, un rayon de lumière en jaillit. Le Pallak se transforme en poignard. Jérémiah a aussi subi une transformation spectaculaire. Il a reçu les mêmes forces que celles de Clark. Ensuite, il se prend pour Namman, le sauveur de son peuple. Selon la légende Kawathci, il doit trouver Sagis, son ennemi, et le tuer. Pendant ce temps, Lana décide de partir loin de Smallville et de Clark.

Lana a pris une décision capitale. Elle quitte Smallville pour Paris. La seule personne qui peut la retenir, c'est Clark. Pour Lex, personne ne peut remplacer une si honnête et gentille gérante que Lana. Il vend l'établissement "Le Talon". Le nouveau propriétaire compte faire des transformations mais il n'en aura pas le temps. Emilie, la meilleure amie d'enfance de Lana, est de retour. Elle avait péri dans une noyade. Mais les laboratoires de Lionel Luthor l'avait ramenée à la vie via son clone. Seulement, la science ne maîtrise pas tout. La rancune mêlée à des dons surnaturels la rendent dangereuse. Elle tue le nouveau propriétaire, puis son propre père et se fait passer pour la nouvelle gérante du café. En fait, elle veut revoir Lana et devenir, à n'importe quel prix, sa meilleure amie. Pour Lex, c'est sans doute le début de la fin de son calvaire. Il réussit à confondre son père. Lionel Luthor est jeté en prison pour le meurtre de ses parents. Pete part à toutes jambes rejoindre sa mère dans un autre état.

La vie prend un virage à 180° pour Clark et ses proches depuis qu'une jeune fille, Cara, vient frapper à la porte des Kent. Elle est nue. Elle dit être venue de la planète Krypton et tout savoir sur Clark. Elle lui est promise. Mais, en fait elle est la marionnette de Jor-Al, le père biologique de Clark. Mais le jeune superman est troublé. Il ne sait plus qui et que croire. Il est persuadé que tout le monde lui ment. Il voit Lex dans les bras de Lana qui part terminer ses études à Paris. Son propre père avoue avoir fait un pacte avec Jor-Al pour lui restituer son fils. Par curiosité ou pour sauver son père adoptif, Clark se fait happer dans le mur de la grotte. Pendant ce temps, Lex trinque seul dans son manoir. Il savoure la victoire d'avoir fait condamner son père de ses nombreux crimes mais il tombe agonisant à la première gorgée. Chloé rentre chez elle accompagnée par un agent gouvernemental. Sa maison explose.